II. Mentre, giunto dopo una fuga rocambolesca a Lucera, Manfredi si fa riconoscere dai saraceni a guardia della città, che viene con impeto popolare aperta al re svevo. Incoronato re del regno napoletano dal papa, Carlo I d’Angiò muoveva contro il re Manfredi. La battaglia si svolse nel 1266 a Benevento dove il re svevo, tradito dai suoi fedeli, morì. Carlo I d’Angiò morì nel 1285 e venne incoronato suo figlio Carlo II d’Angiò. Sotto questo re si compì l’orrendo eccidio dei Saraceni nell’agosto del 1300 che segnò la fine della civiltà araba a Lucera e in Puglia.
A comandare l’armata é Pipino di Barletta. Carlo II d’Angiò cambiò il nome di Lucera in “Città di Santa Maria” e iniziò la costruzione della Cattedrale sui resti della moschea. La rese città demaniale cioé non soggetta al servaggio feudale, stabilì che ogni anno si tenesse una fiera generale il 25 agosto giorno di San Bartolomeo, ossia quando ebbe termine la sanguinosa battaglia, e inoltre stabilì mercati mensili. A Carlo II succedette Roberto d’Angiò che costruì una cerchia di mura a difesa della città, resistita fino a qualche secolo fa e di cui resta la Porta di Troia. Lucera sostenne Giovanna I e Carlo di Durazzo e vide nuova prosperità con Ladislao. Fu divisa nell’appoggiare Renato d’Angiò e Alfonso di Aragona che si affrontarono per la successione sul regno di Napoli. Alfonso d’Aragona fu clemente con le città conquistate.
A Lucera istituì il Tribunale della Dogana della Mena delle pecore di Puglia, importante istituto giuridico che fu trasferito dopo pochi anni a Foggia. Sotto gli Spagnoli anche se nel generale decadimento delle condizioni civili ed economiche, Lucera ha un certo fermento di benessere. Capoluogo di una grande provincia, sede della Regia Udienza, supremo tribunale civile e penale, con vasta giurisdizione sulla Puglia e sul Molise, centro di commerci e di agricoltura abbastanza florido, vede in tutto il 1500 accrescere la propria popolazione. Si eresse a repubblica in seguito al moto di Masaniello, ma solo nel 1692 poté tornare al demanio.
Nel 1806 Lucera si vede privata delle sue prerogative, quali l’essere capoluogo della Capitanata e del Contado del Molise, che passò a Foggia, e l’essere sede della Regia Udienza Provinciale. Nel 1808 viene istituito il Tribunale di prima istanza attorno al quale si raccoglievano le migliori energie culturali e civili. Altra importantissima istituzione fu il Real Collegio che per alcuni anni fu anche sede di cattedre universitarie di diritto, medicina e chirurgia e agraria.
